目前，在细菌中发现了三种类型的CRISPR/Cas系统
ⅰ型和ⅲ型系统需要许多蛋白质的参与。第二类系统要简单得多。Cas9核酸酶可以利用导向核糖核酸(gRNA)识别和切割目标双链脱氧核糖核酸，所以第二类系统也称为CRISPR/Cas9系统。自从2012年以来，CRISPR-Cas9基因编辑技术便已引发基因工程变革。CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一，受到人们的高度重视。但是CRISPR-Cas9系统也有它的不足之处，即脱靶效应。
2016年6月，布罗德研究所成员Feng Zhang和他的同事们首次描述了一种靶向RNA的CRISPR相关酶（之前被称作C2c2，如今被称作Cas13a），而且能够经编程后切割细菌细胞中的特定RNA序列（Science, doi:10.1126/science.aaf5573）。不同于靶向DNA的CRISPR相关酶（如Cas9和Cpf1），Cas13a能够在切割它的靶RNA之后保持活性，而且可能表现出不加区别的切割活性，而且在一种被称作“附带切割（collateral cleavage）”的过程 当中，继续切割其他的非靶RNA。
