Cas9 Endonuclease Dead，也称为死亡Cas9或dCas9，是Cas9的突变形式，其内切核酸酶活性通过其内切核酸酶结构域中的点突变被去除。类似于它的未突变形式中，dCas9在CRISPR系统中使用连同gRNAs靶向特定基因或核苷酸的互补gRNA与PAM的序列，其允许Cas9结合。
Cas9通常具有2个称为RuvC和HNH结构域的内切核酸酶结构域。点突变D10A和H840A改变2个重要残基对于内切核酸酶活性，最终导致其失活。尽管dCas9缺乏内切核酸酶活性，但它仍然能够结合其指导RNA和被靶向的DNA链，因为这种结合由其他结构域控制。
如果gRNA以阻止转录因子和RNA聚合酶进入DNA的方式定位dCas9，那么单独这一点通常足以减弱直接阻断靶基因的转录。然而，这种结合DNA的能力也可用于激活，因为dCas9具有可修饰的区域，通常是蛋白质的N和C末端，可用于连接转录激活因子。
