Cas9的特性也揭示了几种独特的生化活性
2类Cas9效应器具有严格的所谓原间隔基邻近基序(PAM)脱氧核糖核酸结合要求。与核糖核酸导向的互补靶基因结合不同，聚丙烯酰胺结合是硬连线到Cas9蛋白中的。因此，与一个脱氧核糖核酸位点的结合既需要导向核糖核酸和脱氧核糖核酸靶之间的互补性，也需要与靶脱氧核糖核酸位点相邻的适当的聚丙烯酰胺序列，在该位点上它可以与Cas9蛋白的聚丙烯酰胺结合元件相互作用。因此，PAM结合提供了一种机制，以确保基因编码的CRISPR-Cas系统不会以自身为目标。
导向核糖核酸基因位点不一定具有聚丙烯酰胺序列，并且不能被活性效应子识别。令人惊讶的是，鉴于聚丙烯酰胺结合是Cas效应物的一种假定活性，研究者无法检测到Cas14对聚丙烯酰胺的结合要求。
